1980년 7월 6일 명성교회 창립과 함께 시작된 명성교회 교회학교는 학생들의 신앙성장과 올바른 인격형성을 위한 교육을 위해 시작되었습니다. 초기 명성교회는 김삼환 목사의 새벽기도의 열정으로 인해 교회가 터를 잡았으며 부모님과 함께 나오는 어린이들을 중심으로 교회학교가 시작되었습니다. 하나님의 은혜로 어린이들이 많이 모이기 시작했으며 교회학교는 교회가 창립된지 5개월만에 유치부, 유년부, 초등부, 학생부의 4개 부서에 교사 13명, 학생수 136명으로 부흥되었습니다.초창기 명성교회 교육부는 '오직주님'을 바라보는 교회의 표어와 함께 말씀중심의 교육, 신앙중심의 교육을 실시하였으며, 교사들의 열정으로 부흥하기 시작했습니다. 김삼환 담임목사는 교회학교에 많은 기도와 관심을 베풀었으며 교사들은 7년을 하루같이 사랑과 열정으로 봉사하였습니다. 이런 기도와 열정의 텃밭 위에 교회학교는 교회의 빠른 부흥과 함께 성장해 나아갔으며, 양적 성장에 치우치기 보다는 질적으로 신앙이 바탕이 되는 어린이로 양육하기 위해 최선을 다했습니다.
교회의 성장과 더불어 교회학교도 함께 성장하여 1983년까지 매년 50~100명까지 학생 수가 증가하였으며, 1986년에는 13개 부서(유치부, 초등부6, 중등부2, 고등부, 대학부, 청년부2)로 학생수는 2,090명, 교사수는 173명으로 성장하였습니다. 특별히 명성교회 교회학교는 절기교육을 강조하고 사순절, 부활절, 추수감사절, 성탄절 등에 특별한 행사를 실시함으로서 어린이들이 절기를 통해 은혜를 받는 기회를 얻을 수 있었습니다. 또한 3월,9월 특별새벽기도회에는 어린이들과 학생들의 적극적인 참석을 이끌었으며, 김삼환 담임목사의 말씀이 어린 생명들에게도 큰 영향력과 믿음의 성장을 이룰 수 있는 원동력이 되었습니다. 특별히 특별새벽기도에 어린이들이 강단 바닥에 앉아 말씀을 듣는 모습이 어느새 한국교회 전체에 널리 알려져 명성교회의 새로운 상징이 되었습니다.계속 꾸준한 증가세를 보이던 학생 수가 1989년에는 전년에 비해 50%이상의 증가로 4,600 여명의 학생이 출석하게 되었으며 1991년에 5,6세 대상의 유아부가 신설되고 1993년에는 3,4세 수준의 아동들을 위한 영아부가 신설 운영되었습니다. 이때 각 부서 역시 크게 성장하여 유치부가 4개 부서로 분리되고 초등부와 중등 1학년까지 각 학년별로 2개의 부서로로 구성되었습니다. 한편 지체 장애인들을 위한 별도의 예배공간과 시간을 필요로 하던 중 1993년에 소망부 (현 사랑부)가 신설되고 대학진학에 재도전하는 학생들의 영적인 뒷받침을 위해 청소년부가 신설되었습니다.(현재는 대학부에 흡수됨) 또 교회가 성장함에 따라 원거리에서 오는 학생들을 위해 1994년에 상계동기도실에 1996년에는 일산교회학교를 1998년에는 분당, 2001년에는 목동에 각각 교회학교를 세우게 되었습니다.
1995년에는 교회학교 운영에 대한 교회의 방침에 따라 교육위원회를 신설하여 교육부와 함께 위원회 중심의 체제로 전환하였으며, 이때의 교회학교는 41개 부서에 10,000명의 학생 수와 1,000명의 교사로 성장하였습니다. 은혜교육관의 완공과 함께 베들레헴의 집과 예루살렘관 등 교육관의 계속적 확충으로 지속적으로 안정과 성장을 이루었으며 교육위원회가 1999년에는 제1교육위원회(교육1부 : 영.유아.유치 / 교육2부 : 초등부)와 제2교육위원회(교육3부 : 중등학교 /교육4부 : 고등학교 / 교육5부 : 청소년. 대학. 청년부)로 편성하고 각부별 교장제를 도입하였습니다. 2004년에는 교육위원회와 연구기획학교로 구성되어 각 학교별로 교장제와 학교별 행정, 재정, 연구기획, 새신자 부서를 두어 부서의 부장, 총무, 부총무를 세워 부서를 운영하게 되었습니다. 교회학교 안정기에는 교육의 질적 성장과 체계 세우기에 주력하였습니다. 2005년에는 교육위원회와 연구기획본부를 두어 운영하였으며 8개 학교별 교장과 행정, 재정, 연구기획, 새신자 부서를 두어 부서의 부장, 부부장, 총무를 세워 부서를 운영하였습니다. 그리고 연구기획 본부를 세워 총무부, 25주년사부, 연구기획부, 재정부, 메빅부, 자료개발부, 인터넷선교부와 전문위원들을 세워 교회학교를 위해 전문적인 연구기관을 두게 되었으며 현재는 교육전문위원회와 8개 학교별 교장과 행정, 행사, 재정, 교육인적자원, 자료개발, 새신자 부서를 두어 부서의 부장, 부부장, 총무를 세워 부서를 운영하고 있습니다. 그리고 교육본부를 두어 인적자원부, 교육자료개발부 예배지원부, 대외홍보부, 홈페이지부, 관리부, 영접부, 교육재정부를 두어 교회학교를 운영하고 있습니다
또한 온 세계를 바라보며 선교의 비전을 갖게 해주어 세계가 그들의 활동무대가 될 수 있도록 다양한 문화와 언어에 적응할 수 있는 소양과 자질을 길러 주기 위해 오랜 시간 준비해 온 주중문화선교학교(현재는 문화선교학교)를 개강하여 각 전문분야별 최우수 교수진을 통해 영적교육과 함께 분야별 전문화된 교육을 실시하게 되었습니다.
2007년부터는 교육전문위원회를 발족하여 미래 교회교육을 연구하며 대비하고 있습니다. 교육부는 미래를 대비하며 교육전문화, 주말학교연구, 전국 규모의 기독교 교육 박람회 개최,교육자료 제작 등을 전문적으로 연구하며 실시하고 있습니다. 미래 도약기에는 미래를 대비한 교육 커리큘럼 재정립과 매뉴얼 작업, 전문사역자와 교사 양성, 특성화 예배 및 교육 실시에 주력하고 있습니다.특별히 2008년부터는 교회학교 주최로 교회교육엑스포를 개최하여 세계 교회에 참된 기독교 교육의 장을 열어오고 있습니다. 특히 2013년 6회째를 맞은 교회교육엑스포 2013에서는 연인원 5,000여명과 50여개의 기관이 참여하여 국내 최대의 교회교육의 나눔의 장으로서 한국교회에 기여하고 있습니다. 현재 명성교회 교회학교에서는 33명의 교역자와 2,300여명의 교사가 12,000여명의 학생들을 지도하고 있습니다.