아시아, 미주유럽, 아프리카 4개 본부와 13개로 구성된 지역부서는 본 교회 파송 및 협력 선교사들의 입∙출국을 돕고, 본국에 체류중인 선교사들의 필요를 채워주며, 해외에서 사역중인 선교사들을 위해서는 현장의 소식을 회원들에게 전하고 선교사와 가족들 그리고 사역을 위해 기도하며 다양한 형태의 도움을 제공한다.
본부 직할의 선교훈련학교부, 해외교회지도자 세미나부, 영접부의 사업을 지도하며, 세계선교부 및 타 부서와의 연계 행사시 이를 기획, 주관 또는 협력한다.
본부직할의 선교훈련학교부는 평신도들에게 선교에 대한 이해를 넓혀주며 선교의식을 함양시켜 명성교회의 세계선교를 보다 멀리 바라보게 하고, 보다 깊이 뿌리를 내리게 하고, 보다 많이 선교현장을 경험케 함으로서 보다 길게 선교를 할 수 있는 기회를 제공키 위해 명성선교대학과 견습・전문인선교사훈련학교를 연 2회 개최한다. 이를 통해 세계선교에 대한 비전과 헌신을 이끌어 내고, 참가자들이 보냄을 받거나 보내는 선교사로서 일생을 헌신케 하는데 목적을 두고 활동한다.
본부직할의 해외교회지도자 세미나부는 매년 3월과 9월에 열리는 특별새벽집회 기간동안 해외교회지도자와 선교사들을 초청하여 세미나를 개최한다. 본 세미나는 해외교회지도자와 선교사들에게 명성교회와 한국교회 성장모습을 직접 체험케 하고, 교회부흥과 성장의 원리가 되는 새벽기도의 중요성을 깨닫게 함으로서 자국교회를 일깨우는데 도움을 주기위해 준비한 것으로 새로운 영적도전과 충전의 기회를 제공함으로서 하나님 나라 확장에 기여하는데 목적을 가진 최고의 프로그램으로 이를 관장한다.
본부직할의 영접부는 본 교회를 방문하는 외부인사들, 타 교단 및 기관의 선교사들에게 새벽예배 등 각종 예배 참석, 통역, 교회 소개 등을 각 지역부서와 연계하여 체계적으로 담당한다.
